Wydelegowany na zjazd Stanów Pruskich do Grudziądza w lipcu 1490 r. kołatał o pomoc pieniężną w związku z najazdami Mołdawian, Turków i Tatarów, a w sierpniu t.r. domagał się pomocy wojskowej, jednak jej nie uzyskał. Była to ostatnia misja polityczna Kościeleckiego za życia Kazimierza Jagiellończyka. Wydaje się, że wraz ze śmiercią króla w r. 1492 K. wycofał się z dworu, poświęcając się sprawom kościelnym i administracji swych dóbr. W r. 1493 wykupił za 1600 fl. Goślinę w pow. poznańskim z rąk Stanisława Potulickiego. W 1494 został dziekanem gnieźnieńskim. W 1498 Jan Olbracht dwukrotnie uwolnił Kościeleckiego od wyprawy wojennej. W t. r. K. wraz z innym Mikołajem Kościeleckim, kasztelanem inowrocł., sprowadził do ufundowanego przez nich kościoła i klasztoru w Skępem bernardynów z Koła. Po śmierci Jana Olbrachta i po objęciu rządów w okresie bezkrólewia przez kardynała Fryderyka K. powrócił do działalności politycznej. W lipcu 1501 r. został wysłany przez kardynała w misji do Prus Królewskich. Po wstąpieniu na tron Aleksandra K. został ponownie sekretarzem królewskim. W marcu 1502 r. prowadził w imieniu króla rozmowy z gdańską Radą Miejską, z których następnie zdał sprawę Aleksandrowi w Sandomierzu. Na początku 1503 r. K. został delegatem królewskim na zjazd Stanów Pruskich; wyjechał wówczas do Malborka z Litwy, gdzie przebywał wraz z królem. Ponownie delegowany na zjazd do Malborka w lipcu t.r. w towarzystwie Wincentego Przerębskiego, bpa płockiego, i Piotra Myszkowskiego, woj. łęczyckiego. K. wraz z nimi i bpem warmińskim Łukaszem Watzenrode, w porozumieniu z pruską radą stanu, dokonał w trybie wyjątkowym z polecenia królewskiego nominacji nowych dostojników pruskich. Niemniej jednak nie mianowano wówczas namiestnika dla Prus, ani nie usunięto ze starostwa malborskiego Piotra Szafrańca, co postulowały Stany Pruskie; wywołało to duże niezadowolenie, co skupiło się głównie na Kościeleckim. Na przełomie 1503/4 Kościelecki posłował znów do Stanów Pruskich, by wezwać je do udziału w sejmie w Piotrkowie i złożenia przysięgi wierności królowi. W tym okresie, podczas wakansu na stanowisku biskupa włocławskiego, Kościelecki pełnił funkcję administratora tej diecezji. W lutym 1504 r. król delegował Kościeleckiego w poselstwie do Bogusława X w sprawie Wałcza, Drahimia, Lęborka i Bytowa. K. rokował też z księciem pomorskim o złożenie przez niego hołdu Aleksandrowi, co jednak nie przyniosło rezultatu. W lipcu t.r. był jednym z komisarzy królewskich na zjeździe z posłami pomorskimi w Chojnicach. Na początku 1505 r. został mianowany bpem chełmskim po Macieju ze Starej Łomży. Już jako biskup-nominat jeździł w lutym t.r. wraz z Janem Łaskim na Litwę, by zaprosić panów litewskich na sejm do Radomia. W t.r. otrzymał od króla zapis 100 grzywien na żupach przemyskich. W 1506 wziął udział w sejmie walnym w Lublinie. Natomiast po śmierci Aleksandra nie uczestniczył w elekcji jego następcy, usprawiedliwiając się chorobą i złupieniem domu, przez pełnomocnika oddał jednak głos na królewicza Zygmunta. W r. 1507 otrzymał od nowego króla prawo obsady dwóch prebend w diecezji chełmskiej oraz prawo wykupu dwóch wsi królewskich w pow. chełmskim, Ślipcza i Kosmowa, z rąk władyki chełmskiego Iwaszki Sosnowskiego. Po wstąpieniu na tron Zygmunta l Kościelecki wycofał się całkowicie z działalności politycznej. Czasem zwracał się do króla o łaski i przywileje dla swych krewnych i przyjaciół. W r. 1512 wziął udział w koronacji królowej Barbary w Krakowie. O działalności Kościeleckiego jako biskupa wiemy niewiele. Jeszcze od króla Aleksandra otrzymał on połowę Białej Rawskiej, drugą połowę kupił w r. 1510 i całość przyłączył do dochodów swego biskupstwa. Fundował też w Białej kościół parafialny. K. zdaje się rzadko zaglądał do stolicy biskupstwa chełmskiego Krasnegostawu, przemieszkując przeważnie w klasztorze bernardynów w Skępem, gdzie też zmarł 4 V 1518 r. i został pochowany 6 V t.r. Grób jego nie zachował się.
   Opinia o Kościeleckim nie była jednolita. Kazimierz Jagiellończyk, a zwłaszcza Aleksander, uważali go za zdolnego dyplomatę, szczególnie zorientowanego w sprawach pruskich i pomorskich, natomiast Jan Olbracht, zdaje się, go nie lubił, a Zygmunt I, choć spełniał jego prośby, nie promował go na wyższe stanowiska w senacie.