Jako starosta generalny i jednocześnie nakielski łączył w swych rękach dwa starostwa sądowe, co jako sprzeczne z prawem zostało napiętnowane w artykułach poselskich wniesionych na sejm 1555 r. W styczniu 1556 r. witał w Poznaniu królewnę Zofię, wydaną właśnie za księcia brunszwickiego i jadącą do męża. Pytany przez króla o zdanie w sprawie wojny wszczętej przeciwko mistrzowi inflanckiemu, opowiedział się 11 VII 1556 r. za jej prowadzeniem, bo jest mądra i uczciwa, a nieprawnie obrany mistrz musi być ukarany. Na wypadek ewentualnego zagrożenia granic Wielkop. przez posiłki idące dla niego z Niemiec, prosił króla o zezwolenie na ruszenie szlachty. W zatargu z papieżem o nominację Jakuba Uchańskiego na b-pstwo włocławskie dzielił w r. 1558 zdanie większości senatorów, by postępować z umiarem i radził sprawę skierować na obrady publiczne. K. był jednym z głównych przeciwników egzekucji. Na sejmie w r. 1558/9 głosił, że jeszcze na nią nie czas, bo dotyczy wszystkich, a nic ma tu Litwy i Prus. Żądał też, by sprawy tyczące się wiary zostały odłożone na dalszy czas, choćby do zwołania soboru narodowego jako ściśle związane z egzekucją. Na sejmie 1562 r. obok innych panów manifestacyjnie składał przed królem przywileje na dobra, oświadczając, iż nie chce być w tym gorszy od drugich. Chciał niby reformy sądownictwa i obrony potocznej, ale nie takiej, jaką proponowano. Na sejmie 1563/4 r. wygłosił 23 XII drugą mowę krytykującą postanowienia egzekucyjne z roku ubiegłego, które, jego zdaniem, obrażają wielu ludzi. Dla Wielkopolski żądał skuteczniejszej obrony granic od Brandenburgii i Pomorza. Skarżono się nań na tym sejmie, że chociaż winien być stróżem praw i wolności szlacheckich, sam szlachcie dobra odbiera, z posiadanych wygania i dobra jako swoje trzyma. Miał dwa razy siłą usunąć Golczów z ich włości i zagarnąć wieś Stanisławowi Czarnkowskiemu. Król nakazał mu zwrot zabranych wsi, nic słuchając jego tłumaczeń i nie uwzględniając tego, że w wypadku Czarnkowskiego wina Kościeleckiego wcale nie była oczywista. Kiedy Kościelecki domagał się zwrotu wydatków poniesionych na odbudowę zamku w Drahimiu, król odmówił dodając, iż dzierżawa ta przynosiła bardzo wielkie zyski, a Kościelecki budował dla swej wygody. Przeprowadzona wtedy rewizja zapisów na królewszczyznach uznała, iż poważne sumy, jakie bracia Kościeleccy mieli na Bydgoszczy i Nakle, są wątpliwe. W r. 1563, kiedy Wielkopolsce zagroziło najście najemników księcia Eryka brunświckiego śpieszącego z pomocą Inflantczykom, K. na rozkaz króla powołał pod broń szlachtę wielkop., ale wojska Eryka zostały rozbite przed wkroczeniem do tej prowincji. Kościelecki był żarliwym katolikiem. Hozjuszowe „Confessio fidei" i „De utraque specie" miały w nim nie tylko nader pilnego czytelnika, ale i propagatora. Nie przeszkodziło mu to jednak w kontaktach z poznanymi w czasie studiów protestanckimi teologami niemieckimi i wysłaniu dwóch starszych synów na studia do protestanckich uniwersytetów w Niemczech. Przystępując do egzekwowania mandatów królewskich zakazujących publicznych nabożeństw innowierczych, czynił to z umiarem dyktowanym współczesną sytuacją. Odnosiły się te nakazy przede wszystkim do królewszczyzn. Zamykał tedy zbory braci czeskich w Poznaniu, które jednak wznawiały swą działalność. W r. 1553, kiedy Jerzy Izrael miał kazanie w domu J. Ostroroga, Kościelecki wezwał go do siebie na zamek, dysputował z nim na tematy religijne i doradził opuszczenie miasta. Do zajść w Poznaniu doszło w czasie świąt wielkanocnych 1556 r. Zjechali się wówczas główni przywódcy braci czeskich i w kamienicy wojewodzica Potulickiego odprawiano nabożeństwo, a śpiewy słychać było w Rynku. K. uznał to za przestępstwo, które należało karać wedle dekretu Jagiełły z r. 1424. Jakub Ostroróg, Jan Tomicki, Rafał Leszczyński i inni spośród patronów braci czeskich zarzucili mu, że gwałci wolność publiczną i postępuje wbrew uchwałom sejmu piotrkowskiego z r. 1555. Gdy mówił, że działa legalnie, zażądali dysputy religijnej, na którą się nie zgodził. Kiedy latem t.r. oskarżono ministra z Chełmców koło Kalisza, iż skradłszy dwie hostie sprzedał je Żydom, a rada miejska torturami wymusiła na nim przyznanie się do rzekomej winy, K. zakazał dalszych kroków prawnych do chwili swego przyjazdu. Sprawa ta została wkrótce potem umorzona. W Koninie pod opieką tamtejszego starosty Stanisława Dziaduskiego działał oskarżony o apostazje proboszcz Stanisław Lutomirski. Dziaduski nie posłuchał mandatu królewskiego nakazującego wygnanie apostaty i wraz z nim i z gromadą szlachty zjawił się w lipcu t.r. na zamku w Poznaniu, gdzie K. odprawiał sądy. Lutomirski doręczył tam Kościeleckiemu skargę na gwałcenie konstytucji sejmowej. K. nie ukarał go wprawdzie, ale proboszcz koniński, nie czując się pewnie na swej plebanii, wkrótce stamtąd wyjechał. Nie karał K. i innych różnowierców zanoszących w Poznaniu protesty, ograniczał się tylko do gróźb. W r. 1564, po wydaniu edyktu Parczewskiego wywołującego z kraju wszystkich duchownych innowierczych obcego pochodzenia, przystąpił K. do bardziej energicznej akcji. Kiedy czołowi reprezentanci braci czeskich, nie zdoławszy go skłonić, by się wstrzymał bodaj do najbliższego sejmu, zwrócili się do króla i wyjednali od niego w Piotrkowie wyjęcie swych współwyznawców spod rygorów edyktu, K. nie uznał skierowanego do siebie rozkazu królewskiego za ważny. Na sejmiku przedsejmowym w Środzie 26 XI t.r. doszło w tej sprawie do starcia z protestantami, które omal nie przerodziło się w walkę zbrojną. K. nie zezwolił na wniesienie mandatu królewskiego do akt grodzkich, a otrzymawszy owo pismo do swych rąk, nie chciał potem zwrócić protestantom. Twierdził, iż ów mandat nie ma mocy obowiązującej, bo nie został wydany na żądanie całej szlachty. Nuncjusz Jan Franciszek Commendone, pochwalając jego postawę, pisał do Rzymu, prosząc o przysłanie breve dziękczynnego dla K-ego i okazanie względów jego starszym synom, przebywającym teraz na studiach w Bolonii.
   Zajścia sejmikowe przyspieszyły, jak się zdaje, śmierć K-ego. Zm. w Poznaniu 7 (8?) XII 1564 r. Jego sekretarz Jakub Kuchler poświecił mu panegiryk. W atmosferze ogólnego zajątrzenia, na temat jego zgonu krążyły różne pogłoski. Andrzej Węgierski opowiada, iż K. w dzień śmierci kazał swemu nadwornemu błaznowi przedrzeźniać obrządki religijne braci czeskich. Do nuncjusza dotarły wieści z Wielkopolski, jakoby dysydenci jeszcze przed wyjazdem Kościeleckiego ze Środy zadali mu truciznę. Pochowany został w Kościelcu, w kaplicy, którą najprawdopodobniej sam dobudował do tamtejszego kościoła, a która była dziełem Jana Battisty Quadro. Stanął tam przyścienny piętrowy nagrobek z postaciami Kościeleckiego i jego ojca. Obok Nakła (scedowanego w r. 1564 synowi Stanisławowi) i trzymanej wspólnie z bratem Andrzejem Bydgoszczy miał jeszcze K. bogate starostwo drahimskie, które objął w r. 1562 wykupiwszy je z rąk Naczmerów. Od r. 1560 trzymał tez dożywociem na terenie Brandenburgii pewne wsie zamku santockiego. Obok dóbr gniazdowych na Kujawach (Kościelec) miał miasteczko Wysokę w pow. nakielskim i Fraszkę koło Pabianic. W Poznaniu należał doń dwór koło Św. Wojciecha, a trzymał też dwór w Piotrkowie. Zaślubiwszy ok. r. 1541 ostatnią z rodu Danaborskich, Gertrudę (Geruszę), córkę Andrzeja, starosty nakielskiego, wziął za nią w pow. nakielskim Danaborz, Nieżychowo i miasteczko Krajenkę z przyległymi wsiami. Klucz krajeński graniczył ze starostwem ujskim, od którego K. odrywał nieustannie tereny leśne i łąkowe. Z Danaborskiej, zmarłej w Nieżychowie 5 III 1573 r., pozostawił synów; Stanisława, starostę nakielskiego i drahimskiego, Jana (Janusza), kasztelana międzyrzeckiego, Andrzeja, opata bledzewskiego, Krzysztofa, kasztelana inowrocławskiego, oraz córki; Katarzynę, żonę Andrzeja Opalińskiego, marszałka w. kor., Reginę, żonę l. v. Jakuba Rokossowskiego podskarbiego w. kor., 2. v. Wojciecha Mycielskiego, Elżbietę, żonę Jana Potulickiego, i Zofię, niezamężną. Podobizna Kościeleckiego na nagrobku w kościele w Kościelcu ma cechy realistycznego portretu. (Na nagrobku jest to postać górna).