Rok 1514 zeszedł Kościeleckiemu na opatrywaniu Malborka i innych zamków pruskich w obliczu grożącej wojny z Zakonem, tak, iż nawet, by nie oddalać się z Prus, z polecenia królewskiego nie wziął udziału w sejmie w Krakowie, odbywającym się na początku t.r. Sporo kłopotu sprawił też Kościeleckiemu przebywający wówczas pod jego strażą na zamku malborskim pretendent do tronu mołdawskiego Piotr Raresz, który usiłował poza plecami Kościeleckiego porozumiewać się ze swymi zwolennikami. Lata 1516 - 17 prawie całkowicie poświęcił K. sprawom pruskim. Sytuacja na granicy z Zakonem groziła wciąż wybuchem wojny; wobec grożącego niebezpieczeństwa król mianował 21 III 1517 r. Kościeleckiego hetmanem ziem pruskich. Po wybuchu wojny w r. 1520 K. na czele wojsk polskich obronił linię Wisły przed oddziałami niemieckimi śpieszącymi na pomoc Krzyżakom, zapobiegając połączeniu się sił nieprzyjacielskich, czym walnie przyczynił się do osłabienia Zakonu i jego wystąpienia, za pośrednictwem cesarza Karola V, o rozejm. W nagrodę za to Kościelecki otrzymał w r. 1521 województwo brzesko-kujawskie, a na początku 1522 r. został przeniesiony na województwo sieradzkie; w r. 1523 został wojewodą kaliskim. W r.n. z powodu choroby (podejrzewano wówczas jakąś kobietę o zadanie mu trucizny) został uwolniony od uczestnictwa w wyprawie wojennej przeciwko Turkom i Tatarom. Wydelegowany wraz z innymi posłami królewskimi w lutym 1525 r. do Szczecina, zawarł tam w imieniu króla traktaty przyjaźni z Jerzym l i Barnimem IX, książętami pomorskimi, oraz z Henrykiem III, księciem meklemburskim. Prawdopodobnie w nagrodę za tę misję został mianowany 24 II t.r. wojewodą poznańskim, otrzymując tym samym najwyższą godność świecką w Wielkopolsce. W t.r. jeszcze K. był jednym z komisarzy królewskich wysłanych do Gdańska. Dnia 31 VI l 1525 r. król odebrał (prawdopodobnie na życzenie królowej Bony) starostwo malborskie Kościeleckiemu i nadał je Hieronimowi Łaskiemu. Wprawdzie Łaski miał objąć starostwo « nieco później », ale i tak to posunięcie królewskie spotkało się z protestami senatorów z podkanclerzym Tomickim na czele, którzy wystosowali w czerwcu 1526 r. wspólny adres do królowej, podkreślający zasługi Kościeleckiego w wojnie pruskiej i protestujący przeciwko nominacji Łaskiego. Wprawdzie adres ten nie przyniósł natychmiastowego skutku, jednak rzecz poszła w odwlokę, a liczne dalsze interwencje (głównie Tomickiego) sprawiły, że w rezultacie Kościelecki utrzymał się na Malborku do śmierci, pełniąc nadal funkcje związane z obowiązkami starosty, choć już od r. 1531 nie pobierał za nie wynagrodzenia. W r. 1530 Kościelecki wziął udział w uroczystościach koronacyjnych Zygmunta Augusta. K., który wraz z braćmi Andrzejem i Mikołajem odziedziczył olbrzymie dobra swojego ojca (dział 11 VII 1493 r. w Poznaniu), potrafił dbać o rozwój swoich włości, przeprowadzając liczne transakcje majątkowe i operacje finansowe. W r. 1501 np. wydzierżawił od torunian udzielone im przez króla prawo budowy mostu pomiędzy Toruniem a Dybowem, jak i prawo wyłączności przeprawy przez Wisłę na tym odcinku, co zapewne przyniosło mu spore dochody; wydzierżawił je jednak już po roku gdańszczaninowi Reynoldowi Felstelde. W r. 1508 wykupił od swego brata Mikołaja za 2000 fl. dobra Jasieniec, które w r. 1512 przenosi z prawa chełmińskiego na polskie. W r. 1513 Kościelecki wykupił z rąk biskupa warmińskiego Fabiana Luzjańskiego starostwo sztumskie (które w r. 1530 zamienił na człuchowskie). W tym okresie zarządzał też majątkami swych bratanic, córek Mikołaja, których został opiekunem po śmierci ojca. W r. 1515 K. odziedziczył po swym bracie Andrzeju jego majątki wraz z opieką nad córką tegoż Beatą, której należne sumy zabezpieczył na Bydgoszczy. Skupił on w swoim ręku wiele królewszczyzn, m. in. starostwa tucholskie (1508, przekazane w 1518 synowi Janowi), bydgoskie, gniewkowskie wraz z Solcem i wójtostwem w Fordonie (1515, po bracie Andrzeju), świeckie. W r. 1523 wyjednał u króla zezwolenie na budowę wodociągów w Bydgoszczy. Aczkolwiek Kościelecki nie należał do najwybitniejszych postaci czasów zygmuntowskich, to jednak na podkreślenie zasługuje jego patriotyzm i przywiązanie do tronu, którego nie osłabiła nawet sprawa starostwa malborskiego. Przyjaźń, która łączyła Kościeleckiego z Tomickim i Dantyszkiem, pozwala domyślać się w nim jednostki o szerszych zainteresowaniach i horyzontach.
   Kościelecki, który niedomagał już od stycznia 1534 r., zmarł ok. 20 XII t.r., gdy wracając z sejmu w Piotrkowie zatrzymał się u swej córki w Sokołowie koło Gostynina. Miejsce jego pochowania nie jest dziś znane. Z żony Oporowskiej, nieznanego imienia, którą zdaje się K. w kilka lat po ślubie porzucił, pozostawił syna Jana, późniejszego woj. łęczyckiego, i córkę Barbarę, zamężną za Feliksem Szreńskim, woj. płockim.