Prawdopodobnie w tym okresie zbliżył się do królewicza Zygmunta przebywającego w Budzie; niektóre akcje dyplomatyczne przeprowadzał z nim wspólnie, omawiał z królem węgierskim projekt ewentualnego powierzenia Zygmuntowi w zarząd Prus Królewskich; zdaje się nawet, że później przebywał przez pewien czas na dworze Zygmunta w Głogowie. W 1503 Kościelecki wrócił do Polski, wynagrodzony przez króla Aleksandra za swą misję na Węgrzech zapisami w Krakowskiem. Pożyczył też królowi dużą sumę 2000 zł węgierskich, za co otrzymał zapis na Słomnikach z przyległościami. Odtąd za coraz większe pożyczki dla króla K. otrzymywał zapisy na królewszczyznach w różnych częściach Polski, najczęściej w Krakowskiem i w woj. pomorskim. W listopadzie 1504 r. Kościelecki posłował od króla na zjazd Stanów Pruskich w Malborku. W 1505 otrzymał od króla Aleksandra za zasługi w służbie Jana Olbrachta i kardynała Fryderyka wieś Rakowice pod Krakowem. Na przełomie lat 1505/6 K. stał znów na czele poselstwa polskiego na Węgry, które rokowało z królem Władysławem w sprawach handlu Polski z Wrocławiem, w marcu 1506 r. był z powrotem w Polsce; prawdopodobnie otrzymane wówczas zezwolenie na wykup młynów bydgoskich było wynagrodzeniem za jego misję węgierską. Później był jednym z pięciu delegatów wybranych przez sejmik nowokorczyński dla przeprowadzenia nadzwyczajnego poboru w ziemiach małopolskich i ruskich. Podczas bezkrólewia sejmik małopolski w Nowym Mieście Korczynie wybrał Kościeleckiego jednym z sześciu prowizorów skarbu królewskiego, co było dowodem rzadkiego wówczas zaufania szlachty małopolskiej do Wielkopolanina. Po elekcji Zygmunta I znaczenie Kościeleckiego szybko wzrastało. W 1507 Kościelecki przeprowadził dla króla wiele udanych operacji finansowych, które dostarczyły Zygmuntowi potrzebnej gotówki. Dzięki powiązaniom z mieszczaństwem krakowskim, głównie z Janem Bonerem i Kacprem Barem, uzdrowił w krótkim czasie finanse królewskie i doprowadził do znacznego zwiększenia dochodów Korony. Zygmunt obsypywał Kościeleckiego zaszczytami i godnościami. Jeszcze w tym samym 1507 r. otrzymał Kościelecki bogate starostwo spiskie i (wraz z Mikołajem Jordanem z Zakliczyna i Janem Bonerem) zarząd żup krakowskich. Dn. 7 I 1508 r. został K. po Janie Jordanie kasztelanem bieckim, w miesiąc później wielkorządcą krakowskim; otrzymał też dla siebie i zorganizowanej przez siebie grupy prawo poszukiwania i wydobywania metali i minerałów w Koronie i na Spiszu. W maju t.r. został jedynym zarządcą żup krakowskich, choć formalną nominację na żupnika otrzymał dopiero 29 IV 1509 r.; był już wtedy kasztelanem wiślickim i starostą oświęcimskim. Dnia 7 IX 1509 r. został K. wydelegowany przez króla dla podjęcia reszty sumy należnej Zygmuntowi za Opawę i przekazania tego księstwa w ręce Władysława czesko - węgierskiego, czego dokonał jeszcze w tym miesiącu. Dn. 26 XII t.r. otrzymał K. nominacje na podskarbiego kor. Zrezygnował wówczas z kasztelani wiślickiej i urzędu burgrabiego krakowskiego (nie wiadomo, odkąd posiadał ten urząd), zatrzymał jednak wielkorządztwo, urząd żupnika i posiadane dotychczas starostwa, do których doszyto jeszcze w 1511 starostwo inowrocławskie. Pod koniec 1509 r. lub w r. 1510 zaślubił K. Katarzynę Telniczankę, Wywołało to niechęć senatorów i krewnych Kościeleckiego, objawioną m.in. przez krewnych opuszczeniem sali posiedzeń rady królewskiej z chwilą wejścia do niej Kościeleckiego. Gdy t.r. wybuchł pożar w kopalni wielickiej, K. wraz z rajcą krakowskim Sewerynem Bethmanem wziął osobiście udział w akcji ratunkowej. W 1511 wykupił za zezwoleniem królewskim cło rzeczne w Bydgoszczy. Zapewne w 1512 otrzymał starostwo sądeckie, a 11 II 1513 r. kasztelanię wojnicką. Wydelegowany t.r. we wrześniu do objęcia w imieniu króla księstwa zatorskiego i odebrania od jego mieszkańców przysięgi wierności otrzymał po wykonaniu tego zadania nowo utworzone starostwo zatorskie. W marcu 1515 r. Kościelecki wraz z licznymi dygnitarzami towarzyszył królowi w podroży do Preszburga (Bratysławy), a następnie na zjazd monarchów do Wiednia. Ofiarowanego sobie tam przez cesarza Maksymiliana I tytułu hrabiowskiego nie przyjął. W drodze powrotnej do kraju ciężko zachorował na dyzenterię i 22 VIII t.r. sporządził w Pszczynie testament. Kościelecki zmarł w Krakowie 6 IX 1515 r.
   Pamięć Kościeleckiego uczcił Zygmunt I uroczystym pogrzebem; pochowano go w katedrze na Wawelu; grób Kościeleckiego wraz z płytą i napisem zachował się do dziś. Z Katarzyną Telniczanką miał K. syna niewiadomego imienia, zmarłego przed ojcem, oraz córkę pogrobową Beatę, później żonę księcia IIii Ostrogskiego, a następnie Olbrachta Łaskiego, matkę słynnej Halszki z Ostroga. Wdowa po Kościeleckim, Katarzyna, zmarła w 1528. Olbrzymi majątek podskarbiego odziedziczył jego brat Stanisław, woj. poznański; córka Beata otrzymała 6 tyś. fl. Aczkolwiek K. był zdolnym dyplomatą i odnosił spore sukcesy zarówno na polu polityki wewnętrznej, jak i zagranicznej, to jednak zasłynął przede wszystkim jako znakomity administrator. Główną jego zasługą było uporządkowanie finansów królewskich, które Zygmunt I odziedziczył po ojcu i braciach w opłakanym stanie, sprężystą administracją królewszczyzn, a zwłaszcza żup krakowskich, w których zaprowadził wiele korzystnych zmian. K. był popularny w szerokich warstwach szlacheckich, a liczne pobożne fundacje zapewniły mu również przychylność duchowieństwa. Oryginalna podobizna Kościeleckiego nie dochowała się. W nowszych czasach spopularyzował jego postać Matejko; umieścił go na obrazie Hołd Pruski (co oczywiście jest grubym anachronizmem), także na malowidle przedstawiającym pożar w salinach.